-
Кузен Сид После финальной битвы со Шреддером, черепашки идут на поправку, но они всё ещё сильно ранены. У кого то сломаны ноги, у кого то руки, а у кого и плечи. Но кто-то вообще поджарен. Но тем не менее у черепашек появился редкий момент отдохнуть. А не тут то было. К Кейси приезжает некий Кузен Сид, который связался с пурпурными драконами. И который пообещал им наследство дома Джонсов. Черепашки за исключением Рафа, даже раненные расправляются с драконами. Но в итоге оказывается что наследства не было.
-
Людской выбор Черепашки идут на поправку, они уже могут ходить, и бегать. Они встречают девушку то ли из другой реальности, то ли с другой планеты. Но она тут не одна, и черепашкам придётся сразится с силами стихий.
-
Молитвы и крылья В городе объявляются какие то то ли ангелы, то ли архангелы, один из них хороший, а другой плохой, можно сказать демон. Между их народами идёт война, и он просит у черепашек помощь. Черепашки идут примерять новые костюмы.
-
Сыновья безмолвия Эйприл начинает чувствовать что-то странное. Какие то видения преследуют её повсюду, и люди-рыбы. Которые живут в озере рядом с домом.
-
Замысел драконов Пурпурные драконы находят мутанта, который был моряком, и отправляют его в «свободное плавание», черепашки гонятся за ним, он постепенно вспоминает прошлую жизнь. В итоге Лео говорит отпустить его.
-
Я, монстр Тот самый гамбит Бишопа не погиб. Он потерял память, но частично воспоминания проскальзывают в голове в виде видений. Он стал управлять крысами, и можно сказать стал Крысиным королём. Черепашки решили прогуляться и поиграть в прятки, в местностях где обитает крысиный король. Последний ловит Майки и натравливает на него крыс, но черепашка спасается. Братья решают разобраться во всём, и в итоге уходят. А король так и остаётся там, говоря что он ещё долго будет снится им в кошмарах, и что он-Монстр.
-
Бой из зависти За Майки приходит тот кого он победил в битве Нексуса, и просит реванша. Но в прошлый раз Майки победил его случайно. А в этот раз случайность вряд ли произойдёт. Тем временем родственники противника пытаются украсть сына Даймио тем самым надавив на него в личных целях.
-
Всё адское отродье В Нью-Йорке Хэллоуин. Это единственный день в году, когда черепашки могут спокойно ходить по улицам днём, и не боятся что их раскроют ведь можно сказать что это костюмы. Но в этот раз в городе стали появляться не просто дети в костюмах, а настоящие монстры.
-
Сложный день Сначала на тренировке дом черепах затапливает, убивая котика Майки Кланка. Потом Бишоп со всем миром начинает на них охоту, Кейси с Эйприл погибают. Все враги черепах, от пурпурных драконов и до Шреддера дерутся с ними. Шреддер жестоко всех избивает, но потом выясняется что герои не вышли из транса. Они берут ситуацию в руки, и понимают что это проделки ниндзя стихий которых они побеждают на ментально-астральном уровне. Черепашки и сенсей вышли из транса, и поняли что с этим нужно быть поаккуратнее.
-
Пришельцы среди нас У Бишопа в лаборатории есть пришельцы пойманные аж в 40ых годах. И сейчас Бишоп их разбудил и использует в личных целях. А черепашки должны его остановить.
-
Восхождение драконов Хан проворачивает очередную операцию. Кейси с панцирными друзьями решает схватить его. Лео становится злее. Кейси устраивает с Ханом битву на грузовике, и решает отомстить за магазин отца.
-
Бесшумный Никто Никто продолжает борьбу с преступностью.
-
Туристы-самураи К черепашкам приходит в гости Усаги со своим другом носорогом. Который спокойно выходит на улицы Нью-Йорка и сражается со злодеем.
-
В поисках истины, и старейшего На тренировке Лео сильно разозлился, и когда мастер Сплинтер сказал что в нём слишком много гнева, и ему нужно многому научится, Лео сказал что он уже всему научился, и Лео ранил сенсея. Сплинтер сказал что Лео прав, и что ему пора учится у другого учителя, кем является Старейший. Он учил мастера Йоши. И Лео отправился в длинный путь, в ходе которого он столкнётся с великанами, противным толстым и вонючим стариком, и в итоге Лео поймёт что он не смирился с тем что тогда во время последней битвы со Шреддером он не смог помочь братьям и сенсею, он ничего не мог сделать, но теперь он смирился с этим.
-
Наследник Шреддера Прошло время, Лео всё ещё не вернулся. На дом черепашек нападает…Шреддер! На самом деле, это Караи, которая одела доспехи отца, и отомстила тем, кто разрушил все его планы. Она разбивает шар Сплинтера который ему подарили утромы, и ранит сенсея. Донни уезжает со Сплинтером на подлодке. Но воины Караи подбивают и взрывают их! Раф уезжает на броневездеходе черепах, но его подрывают воины Караи. А Майки уезжает на буре, с котёнком Кланком. Но воины Караи подрывают его бур, и окончательно разрушают дом черепашек. Караи уничтожила почти всех, остался Леонардо.
-
Блудный сын вернулся Леонардо возвращается домой и находит, что логово лежит в руинах, а его семья пропала без вести. Его поиск ответов и его семья в конечном итоге привели его к осознанию того, что Караи больше не является союзником.
-
Нападение мутантов После вторжения, организованного агентом Бишопом, генетический материал реплицированных пришельцев соединяется с обитателями канализации и окружающих водных путей, вызывая вспышку мутантов. Опасаясь распространения эпидемии, Бишоп посылает Бакстера Стокмана сдержать угрозу. Тем временем черепахи ищут предметы для обустройства своего нового логова, но теперь должны столкнуться с угрозой нападения мутантов, во время которого один из них задел Дона.
-
Дядя Огги Эйприл находит одну вещь, и вспоминает о дяде Огги который бесследно пропал. Эйприл с Доном так же бесследно пропадают.
-
История о мастере Лео рассказывает братьям историю о Мастере Йоши.
-
Месть Саванти Ромеро. Часть 1 У Саванти Ромеро скипетр времени, и он решает отомстить черепашкам.
-
Месть Саванти Ромеро. Часть 2 Рене помогает черепашкам. Битва с Саванти началась.
-
Превращение в чудовище. Часть 1 Черепахи продолжают бороться с, казалось бы, непреодолимой вспышкой мутантов, но они оставляют Донателло под присмотром Эйприл и Кейси, когда он становится очень больным. Однако болезнь Донателло — это не просто простуда; он находится на заключительной стадии вторичной мутации, которая превращает его в дикого зверя, для захвата которого другие черепахи и Кожеголовый должны работать вместе. Тем временем Бишоп поднимает мозг Стокмана со дна Ист-Ривер и воскрешает Стокмана в теле полумонстра-полукиборга.
-
Превращение в чудовище. Часть 2 Когда становится очевидно, что вторичная мутация Донателло вызывает дегенерацию его тела, черепахи и Кожеголовый соглашаются, что они должны пойти прямо в штаб-квартиру агента Бишопа, чтобы потребовать лекарство. Этот сценарий оказывается случайным, так как Бишоп предлагает помочь черепахам, если они извлекут древнюю технологию у Футов.
-
Превращение в чудовище. Часть 3 Черепахи соглашаются на предложение Бишопа в обмен на лекарство от вторичной мутации Донателло. Они участвуют в проникновении в штаб-квартиру Футов и извлечении сердца Тэнгу. Однако у Бишопа нет лекарства для Донателло, и возвращение сердца Тэнгу оказывается основой для плана, который даже Бишоп не понимает.
-
Добро и зло Черепашки гуляют по крышам зданий, чтобы Донателло смог ускорить восстановление после излечения от вторичной мутации. Неожиданно они понимают что за ними следят. На них напали какие то деревянные роботы-ниндзя. Братья дают сильный отпор, но ниндзя их вырубают. Сплинтер чувствует что-то неладное и встречается со старейшим. Черепашки очнулись в какой-то клетке. Выйдя из неё они нашли свои оружия, и взяли их. Они встретили группу людей которые тоже не понимают что происходит. Все они идут в какую то комнату. Там целых 5 Шреддеров. Оказывается что это легендарный Трибунал Ниндзя и что они хорошие ребята. Они просят черепах о помощи.