Ниндзя приглашают на празднование дня рождения принцессы Вании в Королевство Шинтаро. Они берут с собой Мастера Ву, который стал ощущать свой возраст...
Принцесса Вания показывает ниндзя тайный проход, ведущий в расположенную под Шинтаро подземную шахту, где хранятся страшные тайны.
Ниндзя пытаются спасти Коула, но перебранка, возникшая среди пленников, потревожила Хранителя Черепа, и вскоре ниндзя сами становятся пленными.[
Чтобы вырваться из заточения Хранителя Черепа, ниндзя должны убедить Мансов и Геклов отбросить все свои разногласия и объединить усилия.
Мёрт приводит Джея, Нию и Ллойда в «Домашнюю пещеру» Мансов, расположенную в шахтах Шинтаро. Королева Мансов сразу же влюбляется в Джея.
Геклы считают, что Кай и Зейн находятся в сговоре с Хранителем Черепа, они приводят их к своему предводителю, Канцлеру Галчу, и тот подвергает их Испытанию с Майно.
Оставшись один, Коул должен вырваться на поверхность и предупредить Короля Вангелиса об опасном Хранителе Черепа.
Эта серия повествует о том, как Коул, Принцесса Вания и Мастер Ву сваливаются по бесконечному тоннелю к самой нижней точке горы Шинтаро.
Пережив падение в гору, Коул, Ву и Принцесса Вания подружились с разношерстной группой выживших, называемых Нижними, и им рассказывают историю о том, как они тоже оказались в «Каменном дне».
Объединив силы с Нижними в своем стремлении победить Короля Вангелиса, Коул, Ву и Вания должны найти выход из подножья горы, места, которое считается неизбежным.
Ния и Кай, ставшие лидерами Мансов и Геклов соответственно, пытаются объединить племена, чтобы победить их общего врага, Хранителя Черепа, который строит против них заговор.
Преследуемые магматическим монстром, Коул, Принцесса Вания, Ву и Нижние прибывают в таинственный храм глубоко в горе Шинтаро, храм, который когда-то был тренировочной площадкой для Стихий Земли, включая собственную мать Коула, Лилли!
Вынужденные бежать из-за прибытия Злобного дракона, ниндзя, Мансы и Геклы укрываются в Защищённой пещере Геклов. Но ожесточенная вражда между Мансами и Геклами грозит разлучить их как раз тогда, когда единство необходимо больше всего... когда они собираются противостоять Хранителю Черепа и Злобному дракону!
Коул, Нижние, Принцесса Вания и Ву обнаруживают, что каменный робот питается Силой Стихий, и прикрепляют его к вагонеткам, чтобы прорваться из горы и противостоять злому Хранителю Черепа!
Коул и Верхние прибывают в Крепость Хранителя Черепа и обнаруживают ниндзя запертыми в клетках. Геклы и Мансы были возвращены к работе в цепную банду, добывающую Камень возмездия.
Когда Коул и Хранитель Черепа встретились, Геклы и Мансы штурмуют крепость. Пландар освобождает ниндзя из клетки, и ниндзя присоединяются к битве.