Когда Ния теряет контроль над своей силой стихий, ниндзя ищут ответы, которые могут быть у предыдущего мастера воды, матери Нии.
Мать Нии, Майя, приходит с советом о том, как восстановить контроль над силой Нии. Зейн и П.И.В.В.Ж. обнаруживают, что за беспорядками может быть что-то ещё.
Ниндзя отправляются на миссию по раскрытию источника таинственного энергетического сигнала, который разрушает морскую жизнь и силы Нии.
Ния и Майя обнаруживают источник энергетического импульса, влияющего на силу Нии, и сталкиваются лицом к лицу с новым опасным злодеем.
Ния и её мать Майя пытаются спастись от злого Принца Калмаара, который намеревается захватить трон своего отца, доброжелательного Короля Траймаара.
Принц Калмаар обманывает Мерлопийцев и заставляет ниндзя обратиться в бегство.
С помощью Бентомаара ниндзя пробиваются через дворец к «Гидро-Баунти» и должны сбежать от сил Калмаара.
Раскрывается трагическая история Бентомаара, история, наполненная предательством, изменой, но также появляется проблеск надежды.
Ния и ниндзя гонятся за Амулетом Шторма до того, как Принц Калмаар сможет получить его и использовать для пробуждения змея судного дня, Воджиру.
В Ниндзяго-Сити Ву, Коул, Кай, Рэй и Мисако должны попасть в Клуб исследователей и забрать Амулет Шторма раньше Короля Калмаара и его войск.
Король Калмаар атакует Ниндзяго-Сити, чтобы получить Амулет Шторма, но сталкивается с неожиданным препятствием в виде решительной молодой газетчицы.
Ния узнает историю Амулета Шторма. Ву, Кай, Коул, Рэй и Мисако пытаются помешать Королю Калмаару сбежать из города с Амулетом Шторма.
Калмаар пробуждает Воджиру и нацеливается на разрушение Ниндзяго-Сити.
Ниндзя делают всё возможное, чтобы покинуть город, когда начинается штурм Калмаара поверхностного мира Ниндзяго.
Ниндзя терпят поражение от Воджиры, и Ния обдумывает решение, которое может спасти её друзей и её город, но может означать её собственную гибель.
Ния ведёт ниндзя против Принца Калмаара и Воджиры в финальной битве за спасение Ниндзяго-Сити.[