Час Волка — как объясняет Сьюзен Иванова — это время между 2 и 4 часами ночи, время неопределенного ожидания… Неизвестно — жив ли Джон Шеридан и каково состояние Теней.
Незнакомец называет Шеридану свое имя: Лориен. Он сообщает, что Шеридан мертв, вернее завис между Жизнью и Смертью. Так же он постоянно спрашивает Джона: «Кто ты?», «Чего ты хочешь?». В конце концов, Лориен сообщает, что он и есть Изначальный. Так же выясняется, что Тени выбрали За'Ха'Дум своей резиденцией, чтобы таким образом показать свое уважение Лориену, но безуспешно. Еще Лориен сообщает, что внутри Шеридана находится частица Коша. В итоге Лориен соглашается продлить жизнь Шеридану на несколько лет.
Зак Аллан отправляется на поиски Гарибальди, Маркус и Иванова находят скрытую группировку сил Ворлона, а Деленн сталкивается с трудностями при попытках преобразования союза против Теней.
Открыто выступившие против Теней Ворлонцы, продолжают уничтожать обитаемые планеты с их базами. Экипаж «Вавилона-5» делает все, чтобы избежать паники на станции.
Сьюзен Иванова впервые сравнивает противостояние Ворлонцев и Теней с битвой двух великанов на детской площадке. Джон Шеридан просит Иванову найти Изначальных, однако Иванова видит в этом попытку оставить ее в тылу.
Шеридану удается собрать для последней битвы колоссальный флот. В это время Ивановой наконец-то удается призвать на помощь всех Изначальных. Шеридан отдает приказ разместить среди астероидов несколько ядерных мин. Наконец в районе Кориана-VI встречается три флота: Альянса, Ворлонцев и Теней. Однако, Тени и Ворлонцы идут навстречу друг другу, не обращая внимание на флот младших рас и их призывы прекратить конфликт. Чтобы привлечь к себе внимание, Шеридан взрывает ядерные мины. Начинается битва трех флотов.
На «Вавилоне-5» отмечают окончание войны с Тенями, однако уже возникают новые проблемы. Президент Кларк собирается закрыть станцию, для чего разработаны особые программы. Он решает начать изоляцию «Вавилона-5», в законодательном порядке запрещает полеты между Землей и станцией.
На станцию прибывает репортер ISN Дэн Рэнделл. Ему удается убедить Шеридана в том, что программа будет максимально объективной. Капитан разрешает съемочной команде работать на станции. Результат превосходит все ожидания. Если программа, сделанная Синтией Торкмен в 2259 году (серия «А теперь слово») использовала, в основном, неоднозначный и иногда скандальный материал, то креатив Рэнделла является чистой дезинформацией. Слова интервью и видеоряд вырваны из контекста и смонтированы так, чтобы произвести нужное создателям программы впечатление. Согласно передаче, станцией заправляют инопланетяне, а Шеридан является лишь их марионеткой. Земляне вынуждены ютиться в трущобах, а при проявлении недовольства их помещают в криокамеры (где, на самом деле, находятся телепаты, которых Пси-Корпус пытался передать Теням). Так же демонстрирует ремонт инопланетных кораблей, который преподносится как создание Шериданом флота, который он собирается использовать в войне с Землей.
На станции, несмотря на блокаду, жизнь идет своим чередом. Заку Аллану как новому шефу безопасности шьют командную форму, Сьюзен Иванова отправляется на религиозную церемонию Дрази, на которой сильно напивается. Стивен Франклин делает Г'Кару искусственный глаз. Сперва нарн недоволен его окраской, затем приходит в восторг от возможностей (глаз необязательно должен находиться в глазнице чтобы передавать визуальную информацию в мозг). Джон Шеридан решает отправить Маркуса и Франклина на Марс для налаживания контакта с повстанцами.
Маркус Коул и Стивен Франклин летят на грузовом корабле на Марс. Здесь они встречают странного попутчика, который представляется Капитаном Джеком. Через какое-то время выясняется, что он — связной повстанцев. Однако члены Сопротивления сперва встречают посланцев с «Вавилона-5» достаточно настороженно. При проверке удостоверений Маркуса и Стивена выясняется, что они недействительны. Во время этого разбирательства появляется «Номер один» — весьма эффектная молодая девушка.
Участились нападения пиратов на пограничный с Минбаром мир Нарсаи, союз с которыми был заключен религиозной кастой. Деленн летит для выяснения ситуации. В полете ее сподвижник Форелл сообщает, что на Минбаре военные начали притеснять жрецов. Прибыв в точку назначения, рейнджеры обнаруживают там неизвестные корабли. Неожиданно их представитель называет себя Дракхом и обращается к Деленн на минбарском языке. В этом момент Форелл неожиданно требует выслушать этих существ.
Джон Шеридан отдает приказ Заку Аллану отобрать у Гарибальди блок связи, удостоверение и оружие, что Майкл воспринимает отнюдь не с энтузиазмом. К Майклу же приходит представитель его нового работодателя — Уэйд. Гарибальди предстоит нелегально провести на станцию одного человека, однако им оказывается его бывшая возлюбленная Лиз Хамильтон, ставшая женой олигарха Уильяма Эдгарса.
Деленн узнает, что на Минбаре началась гражданская война. Она связывается с Неруном, что вызывает возмущение со стороны представителей родной ей религиозной касты жрецов. Двое жрецов предлагают следующий план — распылить в воздухе корабля отработанное горючее, что отравит присутствующих. Но об этом случайно узнает Ленньер. На Неруна тем временем нападает представитель его касты.
Гражданская война на Минбаре. Столица в огне. Каста жрецов готова сдаться. Предводитель касты воинов Шакири требует капитуляции в течение суток. Нерун предлагает для церемонии храм Варенни. На галереях здания собирается огромное количество людей. Деленн сообщает, что каста жрецов капитулирует, Шакири уже празднует победу, однако посол минбарка замечает, что сдачи религиозной касты недостаточно для единоличного правления воинов. Она предлагает совершить древний обряд — предводители двух враждующих каст входят в круг звездного огня, и руководить будет та каста, чей представитель будет стоять до конца. Деленн без ропота входит в круг, но Шакири боится это сделать.
На консультативном совете Лиги миров Джон Шеридан объявляет о начале действий против преступного правительства Кларка. Г'Кар сразу же поддерживает капитана, вспомнив, что земные власти поступают вероломно не только против своего народа, но и против инопланетян. Шеридан предлагает всем предоставить для защиты станции по одному кораблю класса эсминец, в остальном просит не вмешиваться.
Майкл Гарибальди прилетает на Марс для встречи с Уильямом Эдгарсом. Глава корпорации предлагает сместить Кларка, но не военным путем. Ночью Эдгарс устраивает Майклу сперва жестокий тест, а потом сканирует его при помощи телепата. Результат удовлетворят олигарха. Он более детально посвещает Майкла в свои планы. Вечером у Гарибальди происходит беседа с Лиз Хамильтон, в которой женщина упрекает бывшего шефа безопасности в том, что «он женат на своей работе».
Джон Шеридан успешно развивает наступление на силы Кларка. К восставшим присоединяются все новые и новые корабли, в том числе его старый корабль «Агамемнон». В этот момент Джон получает сообщение от Гарибальди об аресте Шеридана-старшего. Капитан передает командование Сьюзен Ивановой, а сам отбывает на Марс.
Джон Шеридан находится в заключении, где к нему применяются самые разнообразные способы физического и, особенно, психологического воздействия по типу «промывания мозгов». В определенный момент допрашивающие даже пытаются имитировать казнь арестованного, но затем вновь продолжаются допросы. Впрочем, противников Шеридана не особо интересуют данные, которые можно получить от него, а добиваются лишь признания подрывной деятельности, причем до такой степени, чтобы Джон затем мог подтверждать это публично…
Майкл Гарибальди встречается с марсианским сопротивлением, однако те хотят его расстрелять за участие в убийстве Джона Шеридана. Только вмешательство Литы Александер, которая проводит глубокое сканирование бывшего шефа безопасности и подтверждает правдивость его слов. После этого Майкл предлагает способ спасения вождя сопротивления.
Накануне решающего сражения за Марс. На каждый крейсер войск Кларка доставляется по одному телепату, находящему в замороженном состоянии. Тем временем Майкл Гарибальди занимается захватом бункеров по оборонительному периметру. Джон Шеридан на «Агамемноне» во главе колоссального флота «Белых звезд» и земных крейсеров, ему противостоит армада во главе с генералом Лефкартом на корабле «Аполлон».
Шеридан сдается новым земным властям и ждет судебного разбирательства его действий. Маркус спасает Иванову, но впадает в кому. Деленн, Г’Кар и Лондо предлагают различным расам объединиться в новый Межзвёздный Альянс.
Структура сюжета сильно отличается от прочих в сериале, равно как выпадает из общего действия сериала. Существо из отдаленного будущего оценивает последствия действий команды «Вавилона-5» с перспективы в 100, 500, 1'000 и 1'000'000 лет.